Năm 1904, dịch bệnh đậu mùa đang đe dọa đến dân cư thủ đô. Trong khoảng thời gian 5 tháng đầu tiên của năm, có hơn 1.800 người đã phải nhập viện. Một đạo luật thúc đẩy việc tiêm chủng vaccine đậu mùa bắt buộc ở trẻ em có từ 1837 nhưng chưa bao giờ được đem ra thực thi. Vì thế, đến ngày 9 tháng 6 năm 1904, theo sự đề xuất đưa ra bởi Oswaldo Cruz, chính phủ đã đệ trình một dự luật cho Quốc hội yêu cầu tái lập việc tiêm phòng bắt buộc vaccine bệnh đậu mùa. Quy định cứng rắn và khắt khe của quy định tiêm phòng đã làm mọi người lo sợ. Sự phản đối chống lại Oswaldo Cruz tăng một cách nhanh chóng và các tờ báo đối lập bắt đầu một chiến dịch chống đối mạnh mẽ biện pháp phòng bệnh này của chính phủ liên banh. Các thành viên của Hạ viện và liên đoàn lao động cũng tham gia. Một liên đoàn chống vaccine được thành lập.

Đến ngày 10 tháng 11, cuộc Bạo loạn Vaccine nổ ra ở Rio với những cuộc chạm trán đẫm máu giữa cảnh sát và những người biểu tình bạo loạn bằng cách đình công, lập các chướng ngại, và bắn nhau trên đường phố, và lôi kéo dân chúng chống đối chính phủ. Ngày 14 tháng 11, Viện Hàn lâm Quân đội cũng tham gia vào cuộc bạo loạn nhưng các học viên bị phân tán sau các trận đấu súng dữ dội. Tình hình bất ổn đến nỗi mà chính phủ buộc phải tuyên bố tình trạng khẩn cấp. Đến 16 tháng 11, cuộc bạo loạn được kiểm soát và chiến dịch tiêm chủng bắt buộc bị đình lại. Nhưng đến năm 1908, một trận dịch đậu mùa đã bùng phát khiến cho nhiều người tử vong ngoại trừ những người đã được tiêm phòng và Cruz được minh oan, đồng thời cống hiến của ông được mọi người công nhận.